Chương trình học bổng Thạc sĩ, Tiến sĩ trong nước được VinIF triển khai từ năm 2019 hướng tới mục tiêu hỗ trợ, đào tạo đội ngũ nghiên cứu khoa học trẻ, từ đó, đẩy mạnh sự phát triển của mạng lưới tri thức tại các trường, viện trên cả nước. Tiêu chí nhận học bổng là các ứng viên có thành tích học tập, nghiên cứu khoa học xuất sắc trong vòng hai năm trước thời điểm nộp hồ sơ, sở hữu các giải thưởng, đồng thời xây dựng được định hướng nghiên cứu cụ thể, có ý nghĩa thiết thực đối với cộng đồng và đặc biệt phải có thư giới thiệu của các nhà khoa học uy tín trong ngành.
Từ năm 2021, VinIF cũng đưa vào triển khai chương trình học bổng sau tiến sĩ với mục tiêu thu hút đội ngũ khoa học có trình độ và uy tín quốc tế quay về nghiên cứu tại Việt Nam; cũng như hỗ trợ các tiến sĩ trong nước có điều kiện làm việc tối ưu.
Bên cạnh các chương trình học bổng, từ năm 2020, Quỹ VinIF đã mở Chương trình tài trợ và hợp tác đào tạo Thạc sĩ Khoa học dữ liệu giữa VinIFvà các viện nghiên cứu, trường đại học đầu ngành của Việt Nam với ngân sách 2 tỷ đồng trong thời gian 3 năm. Đến nay, Quỹ VinIF đã tài trợ 6 đề án đào tạo Thạc sĩ liên kết với các viện nghiên cứu, trường đại học đầu ngành của Việt Nam.
Sau 4 năm hoạt động, VinIF đã tài trợ cho 1.150 học bổng với tổng giá trị gần 180 tỷ đồng. Trong đó, nhiều nhà khoa học trẻ đã hoàn thiện chương trình, xây dựng thành công nghiên cứu cấp quốc gia, quốc tế và góp phần tạo ra các sản phẩm hữu ích xã hội.